Kaito Kuroba es un estudiante corriente que perdió a su padre hace tiempo, el cual murió a manos de una misteriosa organización en extrañas circunstancias. Tiempo después, Kaito descubre la identidad de su padre, el famoso criminal internacional conocido como “Kaito Kid 1412”. Kaito asumirá ahora la identidad de su padre para vengarse de la organización que acabó con su vida,.